舟曲县水务局前身为舟曲县水务水电局，2019年更名为舟曲县水务局。县水务局有内设机构4个，即综合办公室、财务股、水利股、电力统计股；共有10个下属单位，分别为舟曲县水政监察大队、舟曲县抗旱防汛服务队、舟曲县水利技术综合服务站、舟曲县水土保持工作站。水务系统共有干部职工63名，各类技术人员32名，其中：高级工程师8名，中级工程师18名，初级技术人员6名。